A FNP foi criada em 1989 a partir da articulação política de um grupo de prefeitos de capitais. Em 1999 foi iniciado o processo de transformação desta articulação política em uma entidade formalmente constituída.

Em dezembro de 2003 a FNP instalou sua sede em Brasília, onde passou a funcionar uma estrutura administrativa que oferece suporte às ações políticas da entidade. Isto permitiu uma atuação mais constante nas atividades de representação, informação e de assessoramento em assuntos de interesse dos municípios brasileiros na Capital Federal.

Uma grande contribuição da FNP ao movimento municipalista foi a incorporação das capitais e das grandes e médias cidades ao debate e à mobilização federativa. O movimento municipalista passou a contar com participações de destacada representatividade política.

A FNP, em articulação com as outras entidades municipalistas nacionais, a ABM e a CNM, conquistaram espaços políticos estratégicos para os municípios brasileiros e importantes avanços institucionais, como a participação em várias instâncias federativas.

Atualmente são 186 cidades filiadas à FNP, das quais 26 são capitais e mais de 110 têm acima de 100 mil habitantes. Este conjunto de municípios representa cerca de 40% da população do país!